Plusieurs types de filtres compacts existent. Le principe est le même pour tous. Les eaux de la fosse toutes eaux (prétraitement) passent dans un filtre compact contenant des éléments filtrants.

L'avantage de ces systèmes est la dimension réduite de l'ensemble de l'ouvrage. En sortie du système, les eaux sont infiltrées sur la parcelle ou rejetées dans un milieu hydraulique superficiel.

De nombreuses micro-stations sont apparues depuis juillet 2010. Les deux grandes catégories sont les micro-stations à cultures fixées et à boues activées.

Le fonctionnement est relativement identique : favoriser la multiplication de bactéries grâce à un apport d'oxygène. Ces bactéries vont ensuite digérer les matières.

La plupart des micro-stations sont interdites pour un fonctionnement par intermittence.(Residence secondaire)